เจอาร์ สายเกียวโต เป็นส่วนหนึ่งของทางรถไฟสายหลักโทไกโด เปิดเดินรถเมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม ค.ศ.1876 ระหว่างสถานีโอซากะ-มูโกมาจิ และในวันที่ 9 สิงหาคม ปีเดียวกัน เปิดสถานียามาซากิ, อิบารากิ, ซูอิตะ และในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1877 เปิดสถานีเกียวโต ต่อมาเมื่อมีการแปรรูปมาเป็นบริษัทรถไฟญี่ปุ่นตะวันตกจึงตั้งชื่อสายนี้ว่า เจอาร์ สายเกียวโต ในวันที่ 13 มีนาคม ค.ศ. 1988